W lipcu 1944 roku wojska niemieckie wycofując się chciały zatrzeć ślady swoich działań przed ofensywą ze wschodu, podpaliły więc obiekty klasztorne, czego efektem było spłonięcie dachu klasztornego i nakryć wież kościoła. W dużym pomieszczeniu klasztoru, Niemcy urządzili magazyn chemiczny. Znajdowały się tam duże ilości karbidu oraz inne podobne środki chemiczne. Ogień po dojściu do tego miejsca nie spowodował przewidywanego wybuchu, jednak wytworzył tak wysoką temperaturę, że ściany ceglane z łukowym stropem zaczęły się topić. Pożar nie zniszczył konstrukcji nośnej tej sali, jedynie wysoka temperatura spowodowała topnienie cegły i zabarwienie wnętrza na czarno.
Po II wojnie światowej uporządkowano ją, pozostawiając czarny nadtopiony sufit, z charakterystycznymi soplami podobnymi do stalaktytów. Miejsce to nazwano „czarną komnatą”. Obecnie znajduje się tutaj kaplica domu rekolekcyjnego nazywana „Czarną Kaplicą” Matki Bożej Częstochowskiej.